Marcos Mendonça foi fundador do PSDB, tendo exercido a vereança em São Paulo de 1983 a 1994. Assumiu a Presidência da Câmara Municipal em 1985/86. São de sua autoria inúmeros projetos como a Lei Municipal de Incentivo a Cultura (Lei Mendonça) e a Lei de Preservação do Parque do Ibirapuera, entre outros, que contribuíram para transformar para melhor a cidade de São Paulo. 

Como suplente do Senador Mário Covas, liderou a apresentação da emenda popular à Constituição que criou o “passe do idoso”, tendo assumido o mandato de Senador no segundo semestre de 1989.

Deputado Estadual de 1995 a 2002, foi convidado pelo Governador Mário Covas para assumir o cargo de Secretário da Cultura. Por essa razão exerceu o mandato de Deputado por poucos meses, o suficiente, porém, para aprovar as leis que criaram a Loteria da Cultura e as Organizações Sociais para a área, instrumentos importantes para a ação cultural em São Paulo.